Moleküler Patoloji


Moleküler tekniklerin kullanım amaçları


Moleküler teknikler, patolojide farklı amaçlarla kullanılmaktadır.

Yetkin bir patoloji uzmanının morfolojik değerlendirmesi sonrası istenen uygun testler ile tümör ya da enfeksiyöz hastalıkların tanılarının konması ve tümör alt tiplerinin belirlenmesi amacıyla kullanılmaktadır. Birbirini tamamlar nitelikteki morfoloji ve moleküler incelemeler giderek onkolojik hastaların tanı, takip ve tedavisinde birbirinin ayrılmaz parçası haline gelmiştir. Öyle ki, bazı tümörlerin isimleri (beyin tümörleri ve çeşitli sarkomlar), moleküler teknikler ve morfolojilerin karşılaştırılması ile değiştirilmiş, yeni tanı grupları oluşturulmuştur.
Kanserli dokularda mutasyonun varlığı ya da yokluğu ile hedefe yönelik tedavilerin kullanımı mümkün olmaktadır. Bu mutasyonların varlığının ya da yokluğunun tespiti moleküler patolojide uygulanan testler ile yapılmaktadır. Örneğin; akciğer kanserlerinde EGFR, ALK, ROS1 testleri, kolon kanseri/bağırsak kanserinde KRAS, NRAS, BRAF testleri, meme kanseri ve mide kanserinde Her2 testi, tiroit kanseri ve cilt kanserinde BRAF testi, onkolojinin rutin testleri arasında yer almaktadır.
Her ne kadar hastalığın seyri kişisel nedenlere çok bağlı olsa da, hastaya uygun tedavi yönetimi için hastalığın olası seyrini bilmek gerekir. Bu nedenle kullanılan bazı moleküler teknikler onkoloji uzmanlarına yol göstermektedir. Örneğin; rahim kanserinde kalıtsal kanser olasılığını gösteren MSI (Mikrosatelit Instabilite) testleri artık patolojik incelemede rutin olarak uygulanmaktadır

Moleküler Patolojide Kullanılan Teknikler

Patoloji pratiğinde günlük olarak kullanılan immünohistokimyasal çalışmalara benzer şekilde, mutasyon ile ortaya çıkan protein yapılarının tespitine imkan verir. Hızlı ve pratik olması nedeniyle (tiroit ve cilt kanserinde BRAF, beyin tümörlerinde IDH1 gibi) bazı mutasyonların tespitinde kullanılmaktadır..
Hücrelerdeki DNA ya da RNA’lara bağlanan özel karşıt (komplementer) DNA ve RNA’lar kullanılarak yapılan testlerdir. Virüslerin tespitinde (çeşitli lenfomalarda EBER, rahim ağzı kanserinde HPV), tümör odağının tespitinde (karaciğerdeki albumin), kromozon değişikliklerinin tespitinde (beyin tümörlerinde 1p19q kaybı, bazı lenfomalarda BCR-ABL füzyonu) ve gen ekspresyonlarının artışının tespitinde (meme ve mide kanserinde HER2, EGFR) kullanılmaktadır.
FlSH (Floresan in-situ hibridizasyon):
Özel floresan ışımalı kitler ve özel floresan mikroskobu kullanılarak yapılan in-situ hibridizasyon tetkiklerdir.
CISH (Kromojen in-situ hibridizasyon): In-situ hibridizasyonun ışık mikroskobu ile de yapılmasını sağlayan tetkiklerdir.
Polimeraz zincir reaksiyonu (Polymerase Chain Reaction), dokudan elde edilen DNA ya da RNA’ların laboratuvarda çoğaltılması işlemidir. Belli sayıda çoğaltma süresinde eğer mutasyon varsa yeterli yeni DNA ya da RNA oluşmakta ve mutasyon varlığı (örneğin, kolon kanseri/bağırsak kanserinde KRAS, NRAS, BRAF testleri) tespit edilmektedir.
Tümörlerde görülen mutasyonlar çok çeşitlidir. Kimi mutasyonlar tümörün çoğalmasında ana etkenken, kimileri sadece hasarlı olarak kalmakta ve tümörün davranışına (tümör biyolojisine) etki etmemektedir. Tümör davranışına etki eden bu “sürücü” (driver) mutasyonlar ile davranışa etki etmeyen “yolcu” (passenger) mutasyonlar tanı, tedavi ve sağkalım açısından farklıdırlar. Bu nedenle tümör davranışını direk belirleyebilecek seçili mutasyonlara özgü analizler (nokta mutasyon analizleri) moleküler patolojide kullanılmaktadır.
Bir DNA dizisindeki bazların teker teker okunması ile yapılan analizdir. Böylece oluşan mutasyonun hangi değişiklikle olduğu anlaşılır ve buna göre tanı, tedavi seçimi yapılır.
DNA’nın çok sayıda odağının aynı anda okunmasına dayanan yeni kuşak sekanslama ile bir tümörde olan tüm mutasyonlar tespit edilebilmektedir. Özellikle ileri evre ve ilk tedavilerini tamamlamış hastalarda ilgili tümörde sık görülmeyen ancak tedavi için ilacı bulunan mutasyonların tespitinde kullanılmaktadır. Türkiye’de sayılı merkezde bulunan sistem, ISO 15189 akredite Memorial Genetik Laboratuvarı’nda kullanılmaktadır.
DNA’da değişikliğe neden olan hasarlara mutasyon denmektedir. Mutasyonlar hemen her hücre bölünmesinde olmakta ve hemen tümü tamir edilmektedir. Kanser hücreleri çok hızlı büyüdüklerinden ve tamir mekanizmaları yeterli düzeltmeleri yapamadığından bu mutasyonlar birikmektedir. Bu mutasyonlu birikimin toplam DNA miktarına oranı ile elde edilen mutasyon ölçüm yükü yakın zamanda tedavi seçiminde kullanılmaya başlamıştır. Bir tümörde ne kadar çok mutasyon varsa (cilt kanseri / melanomlar gibi), o kadar çok yabancı antijen üretilecek ve bu tümörler immünmodülatör tedavilere (akciğer kanseri başta olmak üzere pek çok kanser türünde kullanılan PD1-PDL1 testleri) daha iyi yanıt vereceklerdir.